Peptiden en antilichamen voor kankeronderzoek: een gids voor de onderzoekscatalogus

Peptiden voor kankeronderzoek en antilichamen in deze catalogus vervullen vier afzonderlijke experimentele taken: ze fungeren als checkpoint- en receptorliganden in immuno-oncologische assays, als modulatoren van angiogenese, als tumormarkerstandaarden voor kwantitatieve immunoassays en als proteasesubstraten voor onderzoek naar invasie. Onze onderwerppagina kanker bundelt de peptidestandaarden, antisera, gelabelde tracers en kits die laboratoria voor dat werk bestellen, gegroepeerd per moedermolecuul. Deze gids legt uit welke families onder het onderwerp vallen, waarvoor elk wordt besteld en welk reagensformaat bij welke vraag past.

Wat valt onder het onderwerp kanker

Opname hier gebeurt op basis van onderzoeksgebruik, niet op basis van enige bewering over het molecuul. Een familie verschijnt onder kanker wanneer het moedereiwit of -peptide een gevestigd doelwit, een gevestigde marker of een gevestigd instrument in de oncologische literatuur is — checkpointeiwitten, regulatoren van angiogenese, darmhormonen met gedocumenteerde mitogene receptoren op tumorlijnen, proteasen die betrokken zijn bij matrixafbraak, en uitgescheiden markers die worden gebruikt om ziekte in modellen te stadiëren of te volgen. Veel families worden gedeeld met andere onderwerpen: somatostatine komt voor in neuropeptidewerk, adiponectine in onderzoek naar obesitas. Niets in deze sectie is een therapeuticum; elk artikel wordt uitsluitend geleverd voor in-vitro-onderzoek en goedgekeurd dieronderzoek.

Reagentia voor immuuncheckpoints en immuno-oncologie

Checkpointbiologie is goed voor een groot deel van de huidige bestellingen. De betreffende families leveren blokkerende peptiden, fragmenten van het extracellulaire domein en de antisera waarmee expressie in tumorweefsel wordt gedetecteerd:

• PD-1 en PD-L1 — peptidefragmenten die het interactievlak omspannen, gebruikt in competitieassays, bindingsstudies en als immunogenen; antisera voor immunohistochemische scoring van tumorcoupes.
• CTLA-4 — de tweede klassieke checkpointas, besteld als peptidestandaarden en antilichamen voor werk aan T-celcostimulatie.
• TNF- en interleukinefamilies — cytokinepeptiden en -fragmenten voor onderzoek naar de tumormicro-omgeving, en als kalibratoren voor multiplexpanels.
• CXCL- en CCL-chemokinen, plus SDF-1 (CXCL12) — assays voor chemotaxis en metastatische homing; SDF-1/CXCR4 is een van de meest bestudeerde assen bij tumordisseminatie.

Angiogenese en anti-angiogene peptiden

De literatuur over angiogenese is ongewoon rijk aan peptiden, omdat verscheidene endogene remmers proteolytische fragmenten van grotere matrixeiwitten zijn:

• Endostatine — het C-terminale fragment van collageen XVIII, de archetypische endogene angiogeneseremmer in assays voor endotheelmigratie en buisvorming.
• Anginex — een ontworpen bètasheetpeptide dat galectine-1 op geactiveerd endotheel als doelwit heeft; een synthetisch instrument en geen natuurlijk fragment.
• Vasohibine en PEDF — van endotheel afgeleide negatieve regulatoren, besteld als standaarden en voor detectie op basis van antilichamen.
• Trombospondine — de type-1-repeatpeptiden van TSP-1 (waaronder de ABT-510-lijn) zijn standaard positieve controles in anti-angiogene screens.
• Angiopoëtine — reagentia voor Ang-1/Ang-2 en de Tie2-route voor onderzoek naar vaatstabiliteit, met grote overlap met het onderwerp cardiovasculair.

Tumormarkers, groeifactor- en invasiefamilies

De overige families verdelen zich over markers die in monsters worden gemeten en mechanistische instrumenten:

• Chromogranine A — de standaard secretoire marker voor neuro-endocriene tumoren, en een van de vaakst bestelde doelwitten voor assaykits binnen dit onderwerp.
• Gastrine en CCK — CCK-B/gastrinereceptorsignalering op gastro-intestinale tumorlijnen; besteld als volledige peptiden en als receptorselectieve analogen.
• Bombesine en gastrine-releasing peptide — historisch belangrijke autocriene groeilussen in modellen voor kleincellig longcarcinoom, nog steeds gebruikt voor de ontwikkeling van op GRPR gerichte probes.
• Somatostatine — SSTR-subtypefarmacologie ligt ten grondslag aan zowel beeldvorming van neuro-endocriene tumoren als een grote hoeveelheid antiproliferatief celwerk.
• Survivine- en Bcl-familiepeptiden — instrumenten voor apoptoseregulatie, waaronder BH3-domeinpeptiden om mitochondriale priming te onderzoeken.
• uPAR, cathepsine en autotaxine — de groep voor invasie en matrixremodellering; cathepsinesubstraten worden meestal besteld als fluorogene gelabelde peptiden.
• Osteopontine en glypicaan — adhesie- en corecepterfamilies met gevestigde markerrollen, glypicaan-3 met name in hepatocellulaire modellen.
• TGF-β — contextafhankelijke tumorsuppressor en -promotor; peptidestandaarden en antisera ondersteunen beide richtingen in die literatuur.

Welke formaten het onderwerp kanker bevat

Vier producttypen keren in deze families terug. Synthetische peptidestandaarden zijn de werkpaarden: blokkerende peptiden, receptorliganden en immunogenen, doorgaans met een zuiverheid volgens HPLC van ≥95% in vullingen van microgram tot milligram. Gelabelde peptiden zijn hier belangrijker dan bij de meeste onderwerpen, omdat proteaseassays afhankelijk zijn van fluorogene substraten met een FRET-paar en omdat gebiotinyleerde liganden het pull-downwerk dragen. Polyklonale antisera ondersteunen immunohistochemie op tumorcoupes en Western-detectie. ELISA- en EIA-kits kwantificeren uitgescheiden markers zoals chromogranine A of endostatine in plasma en geconditioneerd medium. Voor pull-downs en immunoprecipitaties worden daarnaast magnetische beads gebruikt, en projecten voor epitoopmapping gebruiken peptidebibliotheken — overlappende scans over een tumorantigeen zijn een routineverzoek.

Hoe laboratoria binnen een familie kiezen

Drie beslissingen overheersen. Ten eerste fragment versus volledig eiwit: checkpointwerk gebruikt vrijwel altijd fragmenten van het interactievlak, niet het hele ectodomein, en een blokkerend peptide is gevalideerd voor het absorberen van een antilichaam, niet voor receptorfarmacologie. Ten tweede de diersoort: xenograft- en syngene muismodellen vereisen reagentia met de muizensequentie, en kruisreactiviteit van een antiserum dat tegen de menselijke sequentie is opgewekt kan niet worden aangenomen — bij elk artikel staat de soortreactiviteit vermeld. Ten derde assaycompatibiliteit: een fluorogeen substraat wordt evenzeer bepaald door zijn labelpaar en quenchingchemie als door zijn sequentie, dus controleer het excitatie- en emissieprofiel aan de hand van uw platereader voordat u bestelt.

Hanteringsnotities voor dit onderwerp

De meeste peptiden binnen het onderwerp kanker zijn klein, gevriesdroogd en jarenlang stabiel wanneer ze verzegeld bij −20 °C worden bewaard. Twee aandachtspunten gelden hier meer dan gewoonlijk. Hydrofobe sequenties — verscheidene BH3- en van trombospondine afgeleide peptiden — lossen slecht op in waterige buffer en hebben mogelijk een organisch co-oplosmiddel nodig; zie peptideoplosbaarheid. En fluorogene substraten zijn lichtgevoelig: aliquoteer bij gedempt licht en bewaar in amberkleurige flacons. Algemene werkwijzen staan in de opslaggids, de gids voor aliquoteren en, voor verificatie van het gehalte, de COA-gids.

Verder lezen

Blader door het volledige onderwerp kanker of begin bij de hub van de onderzoekscatalogus. Aanverwante gidsen behandelen de sectie cardiovasculair, die de angiogenesefamilies deelt, en de typegids voor assaykits als uw vraag markerkwantificering betreft in plaats van het mechanisme.