Guide alle molecole
Peptidi e anticorpi per la ricerca oncologica: guida al catalogo di ricerca
Famiglie peptidiche, antisieri e kit di dosaggio usati in oncologia: checkpoint, angiogenesi, marcatori tumorali e substrati di proteasi, in sintesi.
I peptidi per la ricerca oncologica e gli anticorpi di questo catalogo svolgono quattro compiti sperimentali distinti: fungono da ligandi di checkpoint e recettori nei saggi di immuno-oncologia, da modulatori dell'angiogenesi, da standard di marcatori tumorali per i dosaggi immunologici quantitativi e da substrati di proteasi per lo studio dell'invasione. La nostra pagina tematica sul cancro raccoglie gli standard peptidici, gli antisieri, i traccianti marcati e i kit che i laboratori ordinano per questo lavoro, raggruppati per molecola di origine. Questa guida spiega quali famiglie rientrano nel tema, per che cosa viene ordinata ciascuna e quale formato di reagente si adatta a quale domanda.
Che cosa rientra nel tema cancro
L'inclusione qui si basa sull'uso in ricerca, non su alcuna affermazione riguardo alla molecola. Una famiglia compare sotto il tema cancro quando la proteina o il peptide di origine è un bersaglio, un marcatore o uno strumento consolidato nella letteratura oncologica — proteine di checkpoint, regolatori dell'angiogenesi, ormoni intestinali con recettori mitogenici documentati su linee tumorali, proteasi implicate nella degradazione della matrice e marcatori secreti usati per stadiare o monitorare la malattia nei modelli. Molte famiglie sono condivise con altri temi: la somatostatina compare negli studi sui neuropeptidi, l'adiponectina negli studi sull'obesità. Nulla in questa sezione è un prodotto terapeutico; ogni articolo è fornito esclusivamente per la ricerca in vitro e su modelli animali approvati.
Reagenti per checkpoint immunitari e immuno-oncologia
La biologia dei checkpoint determina una quota importante degli ordini attuali. Le famiglie rilevanti forniscono peptidi bloccanti, frammenti del dominio extracellulare e gli antisieri usati per rilevarne l'espressione nel tessuto tumorale:
- PD-1 e PD-L1 — frammenti peptidici che coprono l'interfaccia di interazione, usati in saggi di competizione, studi di legame e come immunogeni; antisieri per lo scoring immunoistochimico delle sezioni tumorali.
- CTLA-4 — il secondo asse classico dei checkpoint, ordinato come standard peptidici e anticorpi per il lavoro sulla co-stimolazione dei linfociti T.
- Famiglie del TNF e delle interleuchine — peptidi e frammenti di citochine per gli studi sul microambiente tumorale e come calibratori per pannelli multiplex.
- Chemochine CXCL e CCL, più SDF-1 (CXCL12) — saggi di chemiotassi e di homing metastatico; SDF-1/CXCR4 è uno degli assi più studiati nella disseminazione tumorale.
Peptidi angiogenici e anti-angiogenici
La letteratura sull'angiogenesi è insolitamente ricca di peptidi, perché diversi inibitori endogeni sono frammenti proteolitici di proteine di matrice più grandi:
- Endostatina — il frammento C-terminale del collagene XVIII, l'inibitore endogeno archetipico dell'angiogenesi nei saggi di migrazione endoteliale e di formazione di tubuli.
- Anginex — un peptide a foglietto beta progettato che ha come bersaglio la galectina-1 sull'endotelio attivato; uno strumento sintetico più che un frammento naturale.
- Vasoibina e PEDF — regolatori negativi di derivazione endoteliale, ordinati come standard e per la rilevazione basata su anticorpi.
- Trombospondina — i peptidi della ripetizione di tipo 1 di TSP-1 (inclusa la linea ABT-510) sono controlli positivi standard negli screening anti-angiogenici.
- Angiopoietina — reagenti per Ang-1/Ang-2 e la via di Tie2 per gli studi sulla stabilità vascolare, con ampia sovrapposizione con il tema cardiovascolare.
Famiglie di marcatori tumorali, fattori di crescita e invasione
Le restanti famiglie si dividono tra marcatori misurati nei campioni e strumenti meccanicistici:
- Cromogranina A — il marcatore secretorio standard per i tumori neuroendocrini e uno dei bersagli di kit di dosaggio più richiesti in questo tema.
- Gastrina e CCK — segnalazione del recettore CCK-B/gastrina su linee tumorali gastrointestinali; ordinate come peptidi a lunghezza intera e come analoghi selettivi per il recettore.
- Bombesina e peptide di rilascio della gastrina — anse di crescita autocrine storicamente importanti nei modelli di carcinoma polmonare a piccole cellule, ancora usate per lo sviluppo di sonde mirate a GRPR.
- Somatostatina — la farmacologia dei sottotipi SSTR è alla base sia dell'imaging dei tumori neuroendocrini sia di un ampio corpus di lavori antiproliferativi su cellule.
- Peptidi di survivina e della famiglia Bcl — strumenti per la regolazione dell'apoptosi, inclusi i peptidi del dominio BH3 usati per sondare il priming mitocondriale.
- uPAR, catepsine e autotaxina — il gruppo dell'invasione e del rimodellamento della matrice; i substrati delle catepsine sono di solito ordinati come peptidi marcati fluorogenici.
- Osteopontina e glipicano — famiglie di adesione e co-recettori con ruoli consolidati di marcatore, il glipicano-3 in particolare nei modelli epatocellulari.
- TGF-β — soppressore e promotore tumorale a seconda del contesto; standard peptidici e antisieri supportano entrambe le direzioni di questa letteratura.
Quali formati comprende il tema cancro
Quattro tipi di prodotto ricorrono in queste famiglie. Gli standard peptidici sintetici sono gli strumenti di base: peptidi bloccanti, ligandi recettoriali e immunogeni, tipicamente con purezza HPLC ≥95% in riempimenti da microgrammi a milligrammi. I peptidi marcati contano qui più che nella maggior parte dei temi, perché i saggi sulle proteasi dipendono da substrati fluorogenici con coppie FRET e perché i ligandi biotinilati sono alla base del lavoro di pull-down. Gli antisieri policlonali supportano l'immunoistochimica su sezioni tumorali e la rilevazione in Western. I kit ELISA ed EIA quantificano marcatori secreti come la cromogranina A o l'endostatina nel plasma e nel terreno condizionato. Pull-down e immunoprecipitazioni utilizzano inoltre biglie magnetiche, e i progetti di mappatura degli epitopi usano librerie peptidiche: le scansioni sovrapposte su un antigene tumorale sono una richiesta di routine.
Come i laboratori scelgono all'interno di una famiglia
Tre decisioni prevalgono. Primo, frammento o proteina intera: il lavoro sui checkpoint usa quasi sempre frammenti dell'interfaccia, non l'intero ectodominio, e un peptide bloccante è validato per assorbire un anticorpo, non per la farmacologia recettoriale. Secondo, la specie: i modelli murini di xenotrapianto e singenici richiedono reagenti con sequenza murina, e la reattività crociata di un antisiero prodotto contro la sequenza umana non può essere data per scontata — ogni articolo indica la propria reattività di specie. Terzo, la compatibilità con il saggio: un substrato fluorogenico è definito dalla coppia di marcatori e dalla chimica di quenching tanto quanto dalla sequenza, per cui occorre verificare il profilo di eccitazione ed emissione rispetto al lettore di piastre prima di ordinare.
Note di manipolazione per questo tema
La maggior parte dei peptidi del tema cancro è piccola, liofilizzata e stabile per anni se sigillata a −20 °C. Due cautele valgono più del solito. Le sequenze idrofobiche — diversi peptidi BH3 e derivati dalla trombospondina — si sciolgono male in tampone acquoso e possono richiedere un co-solvente organico; si veda solubilità dei peptidi. Inoltre i substrati fluorogenici sono sensibili alla luce: aliquotare con luce ridotta e conservare in flaconcini ambrati. Le buone pratiche generali sono nella guida alla conservazione, nella guida all'aliquotazione e, per la verifica del contenuto, nella guida al COA.
Dove proseguire
Consulti l'intero tema cancro o parta dall'hub del catalogo di ricerca. Guide correlate trattano la sezione cardiovascolare, che condivide le famiglie dell'angiogenesi, e la guida al tipo kit di dosaggio se la domanda riguarda la quantificazione di marcatori più che il meccanismo.
Domande
Qualcuno di questi peptidi è un trattamento antitumorale?
No. Tutto ciò che compare in questa sezione è un reagente di laboratorio fornito per saggi in vitro e ricerca su modelli animali approvati. Diverse famiglie — endostatina, frammenti di trombospondina, analoghi della somatostatina — hanno una storia di ricerca clinica, ma il materiale di questo catalogo non è prodotto secondo standard farmaceutici.
Che cos'è un peptide bloccante e quando serve?
Un peptide bloccante è la sequenza immunogena contro cui è stato prodotto un antisiero. La pre-incubazione dell'anticorpo con un eccesso di peptide bloccante dovrebbe abolire la colorazione specifica: è il controllo di specificità standard per immunoistochimica e Western blot. Si tratta di un reagente di controllo, non di uno strumento farmacologico — si veda la voce del glossario sui peptidi bloccanti.
Per uno studio di xenotrapianto conviene ordinare reagenti con sequenza umana o murina?
Dipende da ciò che si misura. I reagenti con sequenza umana rilevano il tumore impiantato; quelli con sequenza murina rilevano lo stroma, la vascolarizzazione e l'infiltrato immunitario dell'ospite. Le letture di angiogenesi e di infiltrazione immunitaria in uno xenotrapianto derivano dall'ospite, per cui in quel caso i reagenti murini sono di solito quelli corretti, anche se il tumore è umano.
Perché i substrati delle proteasi sono forniti come peptidi marcati?
Perché l'attività viene letta come variazione di fluorescenza. Un substrato fluorogenico porta un fluoroforo e un quencher ai lati del sito di taglio; il taglio li separa e il segnale aumenta. Questo design rende la coppia di marcatori importante quanto la sequenza: eccitazione ed emissione vanno abbinate allo strumento. La guida ai peptidi marcati tratta le diverse chimiche.
Quali marcatori del tema cancro si misurano meglio con un kit che con un anticorpo?
I marcatori secreti in plasma, siero o terreno condizionato — cromogranina A, endostatina, osteopontina, diverse chemochine. Un kit ELISA o EIA riunisce una coppia di anticorpi abbinata, gli standard e un intervallo validato, risultando più rapido e riproducibile dell'assemblaggio dei singoli componenti. Gli anticorpi da soli si usano per la localizzazione tissutale e il blotting.
Quanto sono stabili in soluzione i peptidi BH3 e gli altri peptidi idrofobici?
Meno stabili dei tipici peptidi idrofilici, e anche più difficili da portare in soluzione. Molti richiedono DMSO o un altro co-solvente organico, seguito da diluizione in tampone acquoso, e possono aggregare se lasciati a riposo. Preparare al momento ove il saggio lo consenta, aliquotare volumi monouso e verificare la concentrazione anziché presupporre un recupero completo dopo la filtrazione.