Glosar
Legătură peptidică
Legătura peptidică este legătura amidică dintre aminoacizi. Planaritatea, cinetica hidrolizei și rolul în impuritățile SPPS, explicate pentru laborator.
O legătură peptidică este legătura amidică formată atunci când gruparea carboxil a unui aminoacid se condensează cu gruparea amino a următorului, eliberând o moleculă de apă. Este scheletul covalent al oricărei peptide, iar proprietățile sale fizice explică o mare parte din ceea ce chimiștii peptidelor iau în calcul în design.
Structură și consecințe
Rezonanța conferă legăturii C–N un caracter parțial de legătură dublă, astfel încât unitatea amidică este planară, iar rotația în jurul ei este restricționată; libertatea conformațională se află în schimb în unghiurile phi și psi adiacente. Această planaritate explică de ce scheletele se pliază în helixuri și bucle previzibile. Legătura este instabilă termodinamic față de hidroliză, dar foarte lentă cinetic — timpii de înjumătățire necatalizați la pH neutru se măsoară în secole — astfel încât, în mediile biologice, proteazele, nu apa, reprezintă calea practică de degradare.
De ce contează
Fiecare strategie de prelungire a timpului de înjumătățire al peptidelor vizează acest schelet sau vecinătatea sa: substituția cu D-aminoacizi, inserția de Aib, acetilarea N-terminală, amidarea C-terminală sau acilarea cu acizi grași care favorizează legarea de albumină. În fabricație, formarea unei legături este etapa repetată a sintezei peptidice în fază solidă; o cuplare incompletă în orice poziție lasă secvențe de deleție care apar ca umeri în HPLC și ca goluri de masă în MS.
Termeni înrudiți
aminoacid · degradare · punte disulfurică. Lectură suplimentară: stabilitatea și timpul de înjumătățire al peptidelor.