Liaison peptidique

Une liaison peptidique est la liaison amide formée lorsque le groupe carboxyle d’un acide aminé se condense avec le groupe amine du suivant, en libérant une molécule d’eau. Elle constitue le squelette covalent de tout peptide, et ses propriétés physiques expliquent une grande partie des contraintes avec lesquelles composent les chimistes des peptides.

Structure et conséquences

La résonance confère à la liaison C–N un caractère partiel de double liaison : l’unité amide est plane et la rotation autour de cette liaison est restreinte ; la liberté conformationnelle réside plutôt dans les angles phi et psi qui l’encadrent. Cette planéité explique que les squelettes se replient en hélices et en coudes prévisibles. La liaison est thermodynamiquement instable vis-à-vis de l’hydrolyse mais cinétiquement très lente — les demi-vies non catalysées à pH neutre se mesurent en siècles —, de sorte qu’en milieu biologique ce sont les protéases, et non l’eau, qui assurent en pratique la dégradation.

Pourquoi c’est important

Toutes les stratégies visant à prolonger la demi-vie des peptides ciblent ce squelette ou son voisinage : substitution par des acides aminés D, insertion d’Aib, acétylation N-terminale, amidation C-terminale ou acylation par un acide gras favorisant la liaison à l’albumine. En fabrication, la formation d’une liaison constitue l’étape répétée de la synthèse peptidique en phase solide ; un couplage incomplet à n’importe quelle position laisse des séquences de délétion qui apparaissent comme des épaulements en HPLC et comme des écarts de masse en MS.

Termes associés

acide aminé · dégradation · pont disulfure. Pour aller plus loin : stabilité et demi-vie des peptides.