Wiązanie peptydowe

Wiązanie peptydowe to wiązanie amidowe powstające, gdy grupa karboksylowa jednego aminokwasu kondensuje z grupą aminową następnego, z uwolnieniem cząsteczki wody. Stanowi kowalencyjny szkielet każdego peptydu, a jego właściwości fizyczne wyjaśniają wiele z tego, pod co projektują chemicy peptydów.

Budowa i konsekwencje

Rezonans nadaje wiązaniu C–N częściowy charakter wiązania podwójnego, więc jednostka amidowa jest płaska, a rotacja wokół niej ograniczona; swoboda konformacyjna przypada natomiast na sąsiednie kąty phi i psi. Ta płaskość sprawia, że szkielety zwijają się w przewidywalne helisy i zwroty. Wiązanie jest termodynamicznie nietrwałe wobec hydrolizy, ale kinetycznie bardzo powolne — okresy półtrwania reakcji niekatalizowanej w obojętnym pH mierzy się w stuleciach — dlatego w środowisku biologicznym praktyczną drogą rozpadu są proteazy, a nie woda.

Dlaczego to ważne

Każda strategia wydłużania okresu półtrwania peptydu dotyczy tego szkieletu lub jego sąsiedztwa: podstawienie D-aminokwasem, wstawienie Aib, acetylacja N-końca, amidacja C-końca lub acylacja kwasem tłuszczowym sprzyjająca wiązaniu z albuminą. W produkcji utworzenie jednego wiązania to powtarzany etap syntezy peptydów w fazie stałej; niepełne sprzęganie w dowolnej pozycji pozostawia sekwencje delecyjne, widoczne jako ramiona pików w HPLC i luki masowe w MS.

Powiązane terminy

aminokwas · degradacja · mostek disiarczkowy. Dalsza lektura: stabilność i okres półtrwania peptydów.