Afbraak

Afbraak (degradatie) is de verzamelterm voor elk proces waardoor een peptide ophoudt het beoogde molecuul te zijn. Het loont om onderscheid te maken tussen chemische routes, die de covalente structuur veranderen, en fysische routes, die de toestand veranderen zonder de chemie te wijzigen.

De belangrijkste afbraakroutes

Hydrolyse splitst de peptidebinding zelf en wordt versneld door water, warmte en extreme pH-waarden; Asp-Pro-sequenties zijn opvallend labiel. Deamidering zet asparagine of glutamine via een succinimide-intermediair om in de zure vorm, voegt 1 Da toe en vormt vaak een isoaspartaat dat de conformatie verandert; Asn-Gly-motieven zijn de klassieke hotspot. Oxidatie voegt per zuurstofatoom 16 Da toe bij methionine, cysteïne of tryptofaan. Disulfide-scrambling herschikt cysteïneparen in gecycliseerde sequenties. Fysisch drijft aggregatie oplosbare ketens naar oligomeren en zichtbare deeltjes, en adsorptie onttrekt peptide eenvoudigweg aan de oplossing door het aan de wanden van de verpakking te binden.

Waarom het ertoe doet

Elke route heeft een eigen signatuur. HPLC toont nieuwe pieken of een verschoven hoofdpiek, terwijl massaspectrometrie de veelzeggende massaverschuiving laat zien — plus 16 voor oxidatie, plus 1 voor deamidering, een lagere massa bij splitsing. Een afgebroken lot kan er nog steeds onberispelijk uitzien, en daarom wegen de opslagcondities en een actueel analysecertificaat zwaarder dan het uiterlijk. Zie de opslaggids.

Gerelateerde termen

stabiliteit · vriezen en ontdooien