Degradace

Degradace je souhrnný pojem pro jakýkoli proces, jímž peptid přestává být zamýšlenou molekulou. Vyplatí se ji rozdělit na chemické cesty, které mění kovalentní strukturu, a fyzikální, které mění stav bez změny chemie.

Hlavní cesty degradace

Hydrolýza štěpí samotnou peptidovou vazbu, urychluje ji voda, teplo a extrémní hodnoty pH a zvláště labilní jsou sekvence Asp-Pro. Deamidace přeměňuje asparagin nebo glutamin na jejich kyselé formy přes sukcinimidový meziprodukt, přidává 1 Da a často vytváří isoaspartát, který mění konformaci; klasickým rizikovým místem jsou motivy Asn-Gly. Oxidace přidává 16 Da na každý kyslík na methioninu, cysteinu nebo tryptofanu. Přeskupení disulfidů mění párování cysteinů v cyklizovaných sekvencích. Fyzikálně agregace převádí rozpustné řetězce na oligomery a viditelné částice a adsorpce jednoduše odstraňuje peptid na stěny nádoby.

Proč na tom záleží

Každá cesta má svůj otisk. HPLC ukazuje nové píky nebo posunutý hlavní pík, zatímco hmotnostní spektrometrie ukazuje charakteristický posun hmotnosti — plus 16 u oxidace, plus 1 u deamidace, nižší hmotnost u štěpení. Degradovaná šarže může přesto vypadat bezvadně, a proto mají podmínky skladování a aktuální certifikát analýzy větší váhu než vzhled. Viz průvodce skladováním.

Související pojmy

stabilita · zmrazení a rozmrazení