Woordenlijst
Natieve sequentie
Een natieve sequentie komt overeen met het peptide zoals het in een soort voorkomt, zonder substituties. Waarom de soort telt en natief niet duurzaam is.
Natieve sequentie betekent een peptide waarvan de aminozuurvolgorde overeenkomt met het molecuul zoals het van nature in een bepaald organisme voorkomt, zonder substituties, terminale kappen, truncaties of conjugaten. De soortaanduiding is essentieel: humane, ratten- en varkensversies van hetzelfde hormoon verschillen vaak in één of meer residuen, en een peptide kan voor de ene soort natief zijn en ten opzichte van een andere een analoog.
Waarom de natieve sequentie ertoe doet in peptideonderzoek
Natief materiaal is de juiste referentie wanneer de vraag de endogene biologie betreft — receptorkarakterisering, het genereren van antilichamen, assaystandaarden of het vaststellen van een uitgangswaarde waarmee een gemodificeerd molecuul wordt vergeleken. Voorbeelden uit de catalogus zijn oxytocine, LL-37 en glutathion, die allemaal als natuurlijk voorkomende sequentie worden geleverd.
Natief betekent niet robuust. Endogene signaalpeptiden zijn doorgaans gebouwd voor snelle klaring, dus hun ongemodificeerde vormen hebben een zeer korte halfwaardetijd — natief GLP-1 houdt ongeveer twee minuten stand tegenover ruwweg een week voor het gemanipuleerde analoog. Evenmin betekent natief posttranslationele getrouwheid: een synthetische natieve sequentie mist elke glycosylering of fosforylering die in vivo aanwezig is, tenzij die bewust is aangebracht. Vergelijk recombinante en synthetische productie; zie een sequentie lezen.
Gerelateerde termen
fragment · lineair peptide