Séquence native

Une séquence native désigne un peptide dont l’ordre des acides aminés correspond à celui de la molécule telle qu’elle existe naturellement chez un organisme donné, sans substitution, coiffe terminale, troncature ni conjugaison. La précision de l’espèce est essentielle : les versions humaine, murine et porcine d’une même hormone diffèrent souvent d’un ou plusieurs résidus, et un peptide peut être natif pour l’une et constituer un analogue par rapport à une autre.

Pourquoi la séquence native compte dans la recherche sur les peptides

Le produit natif est la référence appropriée lorsque la question porte sur la biologie endogène — caractérisation de récepteurs, production d’anticorps, étalons de dosage, ou établissement d’une référence de base à laquelle comparer une molécule modifiée. Parmi les exemples du catalogue figurent l’ocytocine, le LL-37 et le glutathion, tous fournis sous leur séquence naturelle.

Natif ne signifie pas robuste. Les peptides de signalisation endogènes sont généralement conçus pour être éliminés rapidement, si bien que leurs formes non modifiées ont des demi-vies très courtes — le GLP-1 natif dure environ deux minutes, contre à peu près une semaine pour son analogue conçu. Natif n’implique pas non plus la fidélité post-traductionnelle : une séquence native synthétique ne porte aucune des glycosylations ou phosphorylations présentes in vivo, sauf si elles ont été introduites délibérément. Comparez production recombinante et synthétique ; voir comment lire une séquence.

Termes associés

fragment · peptide linéaire