Nativní sekvence

Nativní sekvence označuje peptid, jehož pořadí aminokyselin odpovídá molekule, jak se přirozeně vyskytuje v určeném organismu, bez substitucí, koncových modifikací, zkrácení či konjugátů. Upřesnění druhu je zásadní: lidská, potkaní a prasečí verze téhož hormonu se často liší jedním či více aminokyselinovými zbytky a peptid může být nativní vůči jednomu druhu a analogem vůči jinému.

Proč je nativní sekvence důležitá v peptidovém výzkumu

Nativní materiál je vhodnou referencí, když se otázka týká endogenní biologie — charakterizace receptorů, přípravy protilátek, standardů pro stanovení nebo stanovení výchozího stavu, s nímž se porovnává modifikovaná molekula. Příklady z katalogu zahrnují oxytocin, LL-37 a glutathion, všechny dodávané v přirozeně se vyskytující sekvenci.

Nativní neznamená odolný. Endogenní signální peptidy jsou obvykle stavěny pro rychlou eliminaci, takže jejich nemodifikované formy mají velmi krátký poločas — nativní GLP-1 přetrvává asi dvě minuty oproti přibližně týdnu u jeho upraveného analogu. Nativní neznamená ani věrnost posttranslačních modifikací: syntetické nativní sekvenci chybí jakákoli glykosylace či fosforylace přítomná in vivo, pokud nebyla záměrně zavedena. Porovnejte rekombinantní a syntetickou výrobu; viz čtení sekvence.

Související pojmy

fragment · lineární peptid