Sekwencja natywna

Sekwencja natywna oznacza peptyd, którego kolejność aminokwasów odpowiada cząsteczce występującej naturalnie w określonym organizmie, bez podstawień, zabezpieczeń końców, skróceń ani koniugatów. Określenie gatunku jest niezbędne: ludzka, szczurza i świńska wersja tego samego hormonu często różnią się jedną lub kilkoma resztami, a peptyd może być natywny dla jednego gatunku i analogiem względem innego.

Dlaczego sekwencja natywna ma znaczenie w badaniach peptydów

Materiał natywny jest właściwym punktem odniesienia, gdy pytanie dotyczy biologii endogennej — charakterystyki receptora, wytwarzania przeciwciał, wzorców do oznaczeń lub ustalania wartości wyjściowej, z którą porównuje się zmodyfikowaną cząsteczkę. Przykłady z katalogu to oxytocin, LL-37 i glutation, wszystkie dostarczane jako sekwencje występujące naturalnie.

Natywny nie oznacza odporny. Endogenne peptydy sygnałowe są zwykle przystosowane do szybkiej eliminacji, więc ich niezmodyfikowane formy mają bardzo krótkie okresy półtrwania — natywny GLP-1 utrzymuje się około dwóch minut, wobec mniej więcej tygodnia dla jego zaprojektowanego analogu. Natywny nie oznacza też wierności modyfikacjom potranslacyjnym: syntetyczna sekwencja natywna nie ma glikozylacji ani fosforylacji obecnych in vivo, chyba że wprowadzono je celowo. Por. produkcję rekombinowaną i syntetyczną; zob. jak czytać sekwencję.

Powiązane terminy

fragment · peptyd liniowy