Woordenlijst
TFA-zout
De meeste synthetische peptiden worden als trifluoracetaatzout geleverd. Hoeveel van de flaconmassa uit tegenion bestaat en wanneer TFA celgebaseerde assays verstoort.
TFA-zout betekent dat het peptide wordt geleverd met trifluoracetaat als tegenion, gepaard aan de positief geladen basische residuen in de sequentie. Het is de standaard omdat trifluorazijnzuur zowel wordt gebruikt om het peptide aan het einde van SPPS van de hars af te splitsen als als ionenparingsmiddel bij preparatieve reversed-phase-HPLC, zodat het in elke vervolgstap aanwezig is, tenzij het bewust wordt uitgewisseld.
Waarom de TFA-zoutvorm ertoe doet in peptideonderzoek
Twee gevolgen. Het eerste is de massaverantwoording: het TFA-gehalte bedraagt doorgaans ongeveer 10% tot 25% van het brutogewicht, afhankelijk van het aantal basische residuen in de sequentie, zodat een flacon met het etiket 5 mg aanzienlijk minder dan 5 mg peptide kan bevatten. Elke molariteitsberekening hoort daarom uit te gaan van het netto peptidegehalte op het analysecertificaat, niet van het etiket.
Het tweede is verstoring van assays. Residueel TFA zou voor sommige cellijnen cytotoxisch zijn en uitlezingen van celproliferatie beïnvloeden bij concentraties ver onder die welke het peptide schaden; daarom vraagt celgebaseerd werk vaak om het acetaatzout. TFA geeft ook een kenmerkende infraroodband die spectroscopisch werk kan verstoren. Zie een COA lezen.
Gerelateerde termen
zuiverheid · hulpstof · synthetisch