Słownik
Sól TFA
Większość peptydów syntetycznych dostarcza się jako sole trifluorooctanowe. Jaką część masy fiolki stanowi przeciwjon i kiedy TFA zakłóca testy komórkowe.
Sól TFA oznacza, że peptyd jest dostarczany z trifluorooctanem jako przeciwjonem, sparowanym z dodatnio naładowanymi resztami zasadowymi sekwencji. Jest to forma domyślna, ponieważ kwas trifluorooctowy służy zarówno do odcinania peptydu od żywicy na końcu SPPS, jak i jako czynnik tworzący pary jonowe w preparatywnej HPLC w odwróconym układzie faz, więc jest obecny na każdym dalszym etapie, o ile nie zostanie celowo wymieniony.
Dlaczego forma soli TFA ma znaczenie w badaniach peptydów
Są dwie konsekwencje. Pierwsza to bilans masy: zawartość TFA wynosi zwykle od około 10% do 25% masy brutto, zależnie od liczby reszt zasadowych w sekwencji, więc fiolka oznaczona jako 5 mg może zawierać wyraźnie mniej niż 5 mg peptydu. Każde obliczenie molowości należy zatem zaczynać od zawartości czystego peptydu (net peptide content) podanej w certyfikacie analizy, a nie od etykiety.
Druga to zakłócanie testów. Według doniesień resztkowy TFA jest cytotoksyczny dla niektórych linii komórkowych i wpływa na odczyty proliferacji komórek przy stężeniach znacznie niższych od tych, które szkodzą peptydowi, dlatego w pracach na komórkach często wymaga się zamiast niego soli octanowej. TFA daje też charakterystyczne pasmo w podczerwieni, które może zakłócać pomiary spektroskopowe. Zob. jak czytać COA.
Powiązane terminy
czystość · substancja pomocnicza · syntetyczny