Glosář
TFA sůl
Většina syntetických peptidů se dodává jako trifluoroacetátové soli. Jakou část hmotnosti v lahvičce tvoří protiion a kdy TFA ruší buněčné testy.
TFA sůl znamená, že peptid je dodáván s trifluoroacetátem jako protiiontem, spárovaným s kladně nabitými bazickými zbytky v sekvenci. Je to výchozí forma, protože kyselina trifluoroctová se používá jak k odštěpení peptidu z pryskyřice na konci SPPS, tak jako iontově párové činidlo v preparativní HPLC s reverzními fázemi, takže je přítomna v každém následném kroku, pokud se záměrně nevymění.
Proč je solná forma TFA důležitá v peptidovém výzkumu
Má dva důsledky. Prvním je hmotnostní bilance: obsah TFA běžně činí přibližně 10% až 25% hrubé hmotnosti v závislosti na počtu bazických zbytků v sekvenci, takže lahvička deklarovaná na 5 mg může obsahovat znatelně méně než 5 mg peptidu. Jakýkoli výpočet molarity by proto měl vycházet z čistého obsahu peptidu (net peptide content) uvedeného v certifikátu analýzy, nikoli z etikety.
Druhým je interference s testy. Zbytková TFA je podle dostupných údajů cytotoxická pro některé buněčné linie a ovlivňuje ukazatele buněčné proliferace při koncentracích hluboko pod těmi, které poškozují peptid, proto se pro práci s buňkami často vyžaduje místo ní acetátová sůl. TFA navíc vytváří charakteristický infračervený pás, který může zkreslit spektroskopická měření. Viz čtení COA.
Související pojmy
čistota · pomocná látka · syntetický