Cyklický peptid

Cyklický peptid je peptid, jehož páteř nebo postranní řetězce jsou spojeny kovalentní vazbou do kruhu. Rozlišují se čtyři typy uzavření: hlava–ocas, spojující N- a C-konec; postranní řetězec–postranní řetězec, nejčastěji disulfidový můstek nebo laktam mezi lysinem a glutamátem; hlava–postranní řetězec; a postranní řetězec–ocas.

Proč je cyklizace ve výzkumu peptidů důležitá

Vyplývají z ní tři účinky. Zlepšuje se odolnost vůči proteázám, protože exopeptidázy potřebují k útoku volný konec a kruh typu hlava–ocas žádný nenabízí. Klesá konformační entropie, takže molekula tráví více času ve tvaru schopném vazby, což obvykle zvyšuje afinitu i selektivitu. A některé cyklické peptidy dosahují neobvyklé membránové propustnosti tím, že skrývají vodíkové vazby páteře uvnitř kruhu — právě tato vlastnost umožňuje perorální vstřebávání cyklosporinu navzdory jeho velikosti.

K příkladům relevantním pro katalog patří disulfidem uzavřené kruhy oxytocinu a somatostatinu a konformačně omezený Melanotan II ve srovnání s jeho flexibilnějšími příbuznými. Cyklizace je konstrukční strategií ze stejné rodiny jako PEGylace a DAC — všechny prodlužují užitečnou životnost, cyklizace však tím, že odolává štěpení, nikoli zpomalením clearance. Porovnejte lineární peptidy; viz, jak se zapisují sekvence.

Související pojmy

poločas · analog