Słownik
Synteza peptydów w fazie stałej (SPPS)
SPPS buduje łańcuch peptydu na żywicy od C-końca, jeden cykl odblokowania i sprzęgania na resztę. Dlaczego wydajność sprzęgania wyznacza pułap czystości.
Synteza peptydów w fazie stałej to metoda wprowadzona przez Bruce'a Merrifielda w 1963 roku, za którą otrzymał Nagrodę Nobla w dziedzinie chemii w 1984 roku. Łańcuch jest zakotwiczony C-końcem do nierozpuszczalnego ziarna polimeru i wydłużany w kierunku N-końca. Każda reszta wymaga jednego cyklu odblokowania, sprzęgania z aktywowanym aminokwasem o zabezpieczonym łańcuchu bocznym oraz płukania — ponieważ rosnący łańcuch jest unieruchomiony, nadmiar odczynników po prostu się wypłukuje, zamiast rozdzielać go chromatograficznie.
Dlaczego SPPS ma znaczenie w badaniach peptydów
Wydajność sprzęgania wyznacza pułap osiągalnej czystości, a arytmetyka jest bezlitosna. Przy 99% na etap 30-resztowy peptyd daje około 74% produktu pełnej długości; przy 98% — tylko 55%. Cała reszta to sekwencje delecyjne i skrócone, które trzeba usunąć preparatywną HPLC; dlatego dłuższe peptydy kosztują nieproporcjonalnie więcej w przeliczeniu na miligram i dlatego powyżej około 50 reszt synteza chemiczna ustępuje miejsca ekspresji rekombinowanej.
Współczesna praktyka wykorzystuje chemię Fmoc z odblokowaniem piperydyną i odszczepieniem w kwasie trifluorooctowym — w ten sposób peptydy trafiają do użytkownika w postaci soli TFA, o ile nie przeprowadzono wymiany przeciwjonu. Trudne sekwencje z agregującymi odcinkami obniżają wydajność. Zob. peptydy syntetyczne oraz objaśnienie czystości HPLC.
Powiązane terminy
grupa zabezpieczająca · czystość · wiązanie peptydowe