Amid (C-terminální amidace)

C-terminální amidace přeměňuje volnou karboxylovou kyselinu na konci peptidového řetězce na primární amid, zapisovaný jako –CONH2 nebo jako koncové „-NH2“ v zápisu sekvence. Odstraňuje jeden záporný náboj a snižuje hmotnost molekuly přibližně o 0.98 Da oproti formě volné kyseliny. Napodobuje skutečnou posttranslační modifikaci, kterou v buňkách vytváří peptidylglycin-alfa-amidující monooxygenáza působící na C-terminální glycin.

Kde se amidované peptidy vyskytují

Mnoho nativních signálních peptidů je amidováno a bez amidace ztrácí většinu receptorové aktivity — mimo jiné oxytocin, gastrin, kalcitonin, PACAP a peptidy uvolňující růstový hormon. Výzkumné analogy se tomu přizpůsobují: Ipamorelin, GHRP-2 a GHRP-6 se dodávají jako C-terminální amidy a produkty jako N-Acetyl Semax Amidate nesou amidaci spolu s N-terminální acetylací. Katalogové názvy ji obvykle výslovně označují slovem „amide“ nebo „amidate“.

Proč na tom záleží

Má dva praktické důsledky. Amidace blokuje odštěpování karboxypeptidázami, takže amidované analogy obecně vykazují delší poločas in vitro než jejich volné kyseliny. A mění cílovou hodnotu při testování identity: výsledek hmotnostní spektrometrie je nutné porovnat s teoretickou molekulovou hmotností amidované formy, jinak se šarže bude jevit o 1 Da lehčí. Pokud se zápis sekvence dodavatele a jeho hodnota MS v otázce amidace neshodují, považujte identitu v certifikátu analýzy za nepotvrzenou.

Související pojmy

peptidová vazba · Ipamorelin.