Słownik
Amid (amidacja C-końca)
Amidacja C-końca zastępuje wolny kwas peptydu grupą –CONH2, usuwając jeden ładunek i 0.98 Da. Dlaczego zmienia okres półtrwania i oczekiwaną masę w MS.
Amidacja C-końca przekształca wolny kwas karboksylowy na końcu łańcucha peptydowego w amid pierwszorzędowy, zapisywany jako –CONH2 lub jako końcowe „-NH2” w zapisie sekwencji. Usuwa jeden ładunek ujemny i obniża masę cząsteczki o około 0.98 Da względem formy wolnego kwasu. Odzwierciedla rzeczywistą modyfikację potranslacyjną, zachodzącą w komórkach dzięki monooksygenazie peptydyloglicyno-alfa-amidującej działającej na C-końcową glicynę.
Gdzie występują peptydy amidowane
Wiele natywnych peptydów sygnałowych jest amidowanych i bez tej modyfikacji traci większość aktywności receptorowej — m.in. oksytocyna, gastryna, kalcytonina, PACAP oraz peptydy uwalniające hormon wzrostu. Analogi badawcze idą tym śladem: Ipamorelin, GHRP-2 i GHRP-6 są dostarczane jako amidy C-końcowe, a produkty takie jak N-Acetyl Semax Amidate łączą amidację z acetylacją N-końca. Nazwy katalogowe zwykle wprost to sygnalizują słowem „amide” lub „amidate”.
Dlaczego to ważne
Są dwie konsekwencje praktyczne. Amidacja blokuje skracanie przez karboksypeptydazy, więc amidowane analogi wykazują zazwyczaj dłuższy okres półtrwania in vitro niż ich wolne kwasy. Zmienia też wartość docelową w badaniu tożsamości: wynik spektrometrii mas należy porównać z teoretyczną masą cząsteczkową formy amidowanej, w przeciwnym razie partia wyjdzie o 1 Da za lekka. Jeśli zapis sekwencji dostawcy i jego wynik MS nie są zgodne co do amidacji, tożsamość w certyfikacie analizy należy uznać za niepotwierdzoną.
Powiązane terminy
wiązanie peptydowe · Ipamorelin.