Blokující peptid

Blokující peptid (také kompetitivní nebo neutralizační peptid) je volný syntetický peptid odpovídající sekvenci imunogenu, který byl použit k vytvoření dané protilátky. Dodává se spolu s protilátkou za jediným účelem: prokázat, že pozorovaný signál pochází ze zamýšleného epitopu.

Jak kontrola funguje

Protilátka se před aplikací na blot, destičku nebo řez preinkubuje s molárním nadbytkem peptidu — obvykle několikanásobným až stonásobným, optimalizovaným empiricky. Je-li signál specifický pro epitop, měl by zmizet nebo se výrazně snížit; pásy, které přetrvávají, jsou nespecifické nebo odrážejí odlišný zkříženě reagující epitop. Blokovaná i neblokovaná varianta musí být provedeny souběžně na stejném vzorku a vyplatí se zařadit i variantu pouze s peptidem, která potvrdí, že samotný peptid k signálu nepřispívá.

Omezení je třeba uvést otevřeně: kontrola prokazuje závislost na epitopu, nikoli to, že obarvený protein je skutečně ten, který předpokládáte. Nesouvisející protein sdílející tentýž krátký lineární epitop by se choval stejně. Silnější kontrolou specifity zůstává genetický knockout nebo knockdown; blokování peptidem je kontrolou praktickou.

Související pojmy a materiály

polyklonální vs. monoklonální · purifikovaný IgG · ELISA · nativní sekvence. Referenční materiál: protilátky, peptidové knihovny. Další čtení: protilátky ve výzkumu peptidů.