Glosář
Syntéza peptidů na pevné fázi (SPPS)
SPPS staví peptidový řetězec na pryskyřici od C-konce, jedním cyklem odchránění a kopulace na zbytek. Proč účinnost kopulace určuje strop čistoty.
Syntéza peptidů na pevné fázi je metoda, kterou v roce 1963 zavedl Bruce Merrifield a za kterou obdržel Nobelovu cenu za chemii za rok 1984. Řetězec je svým C-koncem ukotven k nerozpustné polymerní částici a prodlužuje se směrem k N-konci. Každý zbytek vyžaduje jeden cyklus odchránění, kopulace s aktivovanou aminokyselinou s chráněným postranním řetězcem a promytí — protože rostoucí řetězec je imobilizován, nadbytečná činidla se jednoduše odmyjí, místo aby se oddělovala chromatograficky.
Proč je SPPS důležitá v peptidovém výzkumu
Účinnost kopulace určuje strop dosažitelné čistoty a aritmetika je neúprosná. Při 99% na krok poskytne peptid o 30 zbytcích přibližně 74% produktu v plné délce; při 98% jen 55%. Vše ostatní tvoří deleční a zkrácené sekvence, které je nutné odstranit preparativní HPLC, a proto jsou delší peptidy v přepočtu na miligram neúměrně dražší a proto chemická syntéza přibližně nad 50 zbytků ustupuje rekombinantní expresi.
Současná praxe využívá Fmoc chemii s odchráněním piperidinem a odštěpením kyselinou trifluoroctovou, a proto peptidy končí jako TFA sůl, pokud neproběhne výměna protiiontu. Obtížné sekvence s agregujícími úseky účinnost snižují. Viz syntetické peptidy a vysvětlení čistoty podle HPLC.
Související pojmy
chránicí skupina · čistota · peptidová vazba